파나마운하의 새로 체계화된 통항료가 4월 1일부로 시행된다.
파나마운하청은 컨테이너선과 벌크선, 탱크선, 자동차선, 여객선, 기타선으로 분류해 기존운하와 신 운하이용시 통항료의 체계를 신설, 시행에 들어가는 것이다.
한국선주협회는 자료를 통해 “4월 시행 예정인 통항료 인상 시행안을 분석한 결과, 선박이 대형화 될수록 통항료의 인상폭이 적거나 오히려 인하되는 경향”이라고 분석하고, “컨선의 경우 연속 12개월간 45만teu 이상 운하 통항이 보장되면 인센티브를 제공한다”고 밝혔다. 
선주협회 분석 자료에 따르면 컨테이너선 -10~+5%, 벌크선 -24~+5%, 탱크선 -4~+15%, 자동차선 -1~+1%의 인상율을 보이고 있다.

4월부터 시행되는 파나마운하의 새 통항료는 컨선의 경우 1,000teu-5,100teu이하의 최대 적재개수당 요율은 60불 실제 적재 개수당 요율은 30불이며, 6,000teu-12,000teu급은 최대적재의 경우 50불, 실제적재 요율은 35불이 적용된다.
곡물과 석탄, 철광석 등을 운송하는 벌크선박과 유조선과 LPG, LNG등 탱크선박, 자동차선박은 컨테이너선박보다 더 세분화된 통항요율이 적용된다.