한국해운조합이 해양부가 실시한 2005년도 정부산하기관 경영혁신평가에서 4년 연속 최우수기관으로 선정됐다.
이 평가는 종합경영, 경영관리, 주요 사업별 및 정책사항 등 4개 분야의 경영*혁신실적 전반에 대한 종합평가로 이루어지며, 특히 올해부터는 종합경영 부문에서 경영혁신 노력과 성과(혁신비전과 리더십, 혁신제도와 구성원 혁신역량, 혁신성과 개선도), 정책사항 부문에서 성과관리시스템(BSC) 구축 노력 등에 대한 평가기준이 가중되었다.
특히 주요사업면에서는 공제사업 공제료 수입과 조합원 부담 절감액 실적 우수, 여객선관리사업의 해양사고발생건수 등의 실적이 우수하다는 총평을 받았다.